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Le varianti di SARS-CoV-2: al via anche in Italia i sequenziamenti di virus provenienti dai tamponi

L’emergere delle varianti inglese, sudafricana e brasiliana di SARS-CoV-2, tra le altre, e le conseguenti preoccupazioni per un possibile ridimensionamento dell’efficacia di vaccini e anticorpi monoclonali, nonché per il rischio di reinfezioni,  hanno fatto capire a tutto il mondo che il coronavirus muta. La sostituzione di qualche base durante la replicazione è del tutto naturale e casuale. In alcuni casi questi cambiamenti possono aiutare il virus ad adattarsi meglio all’ospite umano, per lui nuovo, e risultare convenienti dal punto di vista evolutivo. Ma via via che aumenta il numero di persone infettate cresce anche, per motivi statistici, la probabilità che sorgano nuove varianti, magari più contagiose o letali, o anche meno pericolose, di quelle attualmente in circolazione.

Per questo motivo bisogna avere il controllo della situazione, e vigilare su quanto accade. Cioè, bisogna sequenziare il maggior numero possibile di virus provenienti dai tamponi. Fino a poco tempo fa c’era un solo paese al mondo che lo faceva a ritmi serrati, la Gran Bretagna. Il Paese poteva infatti contare su una struttura già esistente che ha inserito nel suo database COG-UK le sequenze di centinaia di migliaia di virus isolati da altrettanti tamponi, e ancora ne inserisce circa 10.000 a settimana. Nel frattempo, sin dai primi mesi le  nuove sequenze di SARS-CoV-2 sono state pubblicate in altri database pubblici internazionali, il più grande dei quali è GISAID.

SARS-CoV-2Ma ora anche gli altri Paesi corrono ai ripari, e cercano di predisporre sistemi in grado di rilevare le sequenze dei SARS-CoV-2 circolanti con regolarità e, se possibile, in grandi quantità, visto che la media dei Paesi europei, finora, era di 150 campioni a settimana. L’Italia, dopo mesi nei quali l’iniziativa è stata lasciata a singoli centri di ricerca, ha appena dato il via al Consorzio Italiano per la genotipizzazione e fenotipizzazione del virus, promosso dal Ministero della Salute e coordinato dall’Istituto Superiore di Sanità, con il patrocinio della Società Italiana di Virologia. Protagonisti del consorzio sono, tra gli altri, gli Istituti zooprofilattici, che da sempre sequenziano il genoma dei virus animali e che già nei mesi scorsi hanno fornito – tra i primi a farlo – informazioni importanti. In particolare, l’Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie (IZSVe) ha portato avanti, fino dall’estate scorsa, un progetto finanziato dalla Regione Veneto che ha costituito un modello per la rete nazionale. Spiega in merito la sua Direttrice, Antonia Ricci: “Il monitoraggio consiste nell’invio, da parte di ognuna delle 9 ASL, di circa 10 campioni al mese selezionati in modo casuale, ai quali possono aggiungersene altri considerati di particolare interesse clinico o epidemiologico, che noi sequenziamo, garantendo così una metodologia unica e un invio regolare. Grazie a questo abbiamo costituito una rete locale alla quale contribuiscono i 14 laboratori di microbiologia della Regione e che ha già rilevato diverse mutazioni, compresa quella cosiddetta inglese”.

L’ultimo aggiornamento (il terzo pubblicato finora), di poche settimane fa e relativo a 61 campioni analizzati nel periodo compreso tra il 2 novembre 2020 e l’11 gennaio 2021, mostra quanto eterogenei siano i SARS-CoV-2 circolanti. Sono stati identificati ben 11 tipi di virus con mutazioni, quattro delle quali sono presenti in una delle varianti che il Centro Europeo per la prevenzione e controllo delle malattie (ECDC) ha indicato come varianti da monitorare con attenzione. Nessuno dei tamponi conteneva la variante sudafricana o brasiliana, ma 5 contenevano quella inglese. Tracciando le persone infette da questa variante, è stato possibile stabilire che arrivavano tutte dall’estero e dimostrare quindi che, per ora, essa non sembra circolare liberamente nella Regione. “Questo è un esempio di ciò che può fare una rete efficiente” sottolinea Ricci e ricorda che anche altri Istituti zooprofilattici come quello di Teramo, quello di Brescia e quello di Foggia sono impegnati fino dai primi mesi nel sequenziamento.

Secondo l’ultima circolare del Ministero, del 31 gennaio, l’obbiettivo è produrre almeno 500 sequenze a settimana, ottenute in laboratori certificati e di massima sicurezza.

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Roberto La Pira

  Agnese Codignola

Agnese Codignola
giornalista scientifica

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